Erste Erwähnungen eines Herrensitzes in Niedernfels finden sich bereits um das Jahr 988.
Das Schloss wurde 1568 von seinem neuen Besitzer Augustin von Aham auf Valley in seiner jetzigen Form im Renaissance-Stil erbaut und wegen seiner niedrigen Lage „Niedernfels“ genannt. 1639 erwarb Rennerus von Fossa das Schloss, das in den folgenden Jahrhunderten oft seinen Besitzer wechselte. Der rund 20 Meter hohe quadratische Schlossbau mit den zwei achteckigen Türmen wurde 1808 um einen vierstöckigen Anbau erweitert.

1954 ging Schloss Niedernfels in den Besitz des Konvents der „Schwestern von der Heimsuchung Mariä“ über, die 1955 eine Volksschule mit Internat eröffneten. 1972 wurde das Angebot um ein Tagesheim für Buben und Mädchen erweitert.

Im Jahre 1997 übernahm die Katholische Jugendfürsorge der Erzdiözese München und Freising e.V. die Trägerschaft von Schloss Niedernfels. 1998 folgte die Eröffnung von zwei sozialpädagogischen Wohngruppen und einer heilpädagogischen Tagesstättengruppe.
2001 kam es zur Renovierung des Schlossgebäudes: Neue Räume für die Tagesbetreuung & Schule wurden ebenso geschaffen wie eine moderne Zentralküche. Auch energetische Sanierungsmaßnahmen wie beispielsweise der Einbau einer Hackschnitzelheizung und einer Wärmeschutzverglasung konnten in diesem Bauabschnitt verwirklicht werden.
Das pädagogische Angebot konnte im Jahr 2004 durch die Ganztagesbetreuung für die Klassen 7 bis 9 ausgeweitet werden.
Zum Schuljahresbeginn 2009/ 2010 bezog die Franz von Sales Schule das neue, moderne und weitläufig angelegte Schulgebäude.